2009年8月，由艾森生物（杭州）有限公司承担的杭州市高通量新药筛选中心二期扩展项目，通过杭州市组织的专家评审和新药港领导小组讨论，获杭州市医药产业发展资金重大项目立项，并列入《杭州市医药产业振兴三年行动计划》。

该项目计划新增投资超过2250万元，2011年底完成。筛选中心二期建设的目标是围绕艾森自主知识产权的高通量细胞筛选平台为中心，不断深入发展核心技术，进行国内唯一、国际先进的药物心脏毒性高通量筛选子平台和抗肿瘤细胞迁移药物筛选子平台以及全自动高通量药物筛选子平台的技术研究和平台建设；引进结合生化技术、酶技术等通用筛选平台，和我们的核心平台进行整合，完善多种筛选需要；提高化合物库容至100万化合物、建立20个以上的筛选模型，完善数据信息处理技术，充分发挥高通量/高内涵药物筛选技术的优势。建成国内首个拥有自主知识产权筛选技术并独具特色的国际一流高通量/高内涵新药筛选中心和新药研发基地。通过服务与合作，为杭州市乃至国内外医药企业和研究机构提供技术支持，真正发挥筛选中心的公共服务功能。